Las turbulencias políticas y sociales por las que atravesaba España en el último tercio del siglo XIX, agravadas por los conflictos armados internos y ultramarinos, habían provocado en las clases militares una situación de desconcierto y desunión. Estas circunstancias a las que se sumaba el afán legítimo de lograr un perfeccionamiento profesional que se advertía y envidiaba en los ejércitos de otros países, dio lugar a que adquiriese cuerpo la necesidad de conseguir un rearme moral, una unión del conjunto de las fuerzas armadas en base a las razones fundamentales que justifican su existencia, fomentando el compañerismo entre sus miembros. Y, a la vez, conseguir actualizar y profundizar en las materias técnicas cuyo conocimiento es propio de los ejércitos.
Estas ideas, reflejadas en un artículo publicado el 26 de marzo de 1.871 en la revista «El Correo Militar» por el capitán de Infantería López Garrafa (posteriormente Subsecretario de Estado) impulsó a que, el 23 de abril, se reunieron un gran número de Generales, jefes y oficiales del Ejército y de la Armada. Y en esta reunión, tras la lectura del citado artículo, se formó una mesa de edad y se designó una comisión encargada de redactar el reglamento de un Ateneo del Ejército y de la Armada mediante el que pudieran lograrse los objetivos de unión y progreso intelectual pretendidos por los fundadores.
La oficialidad residente en Madrid se inscribió, casi al completo, en el nuevo Ateneo, recibiéndose adhesiones múltiples de quienes se hallaban destinados fuera de la capital. Y el propio Presidente de la República, Estanislao Figueras, envió una carta de felicitación a la Junta Directiva, en la que ofrecia «contribuir a la próspera vida de la Sociedad Cientifico-militar con cuantos medios estuvieran a su alcance» por entender que «está llamada a ejercer y de hecho ya ejerce una magnifica influencia en el progreso de las instituciones militares». La Junta del Ateneo contestó, agradeciendo su contenido, pero haciendo presente el carácter de independencia y libre asociación del Ateneo, para evitar el peligro de una opinión partidista alejada del propósito intelectual y corporativo que motivó su fundación.
Esta conducta de asepsia política se ha procurado mantener en el Centro durante los 145 años transcurridos desde su creación.
